Le centenaire du musée est également l'occasion de marquer l'engagement de la Principauté dans le domaine de l'environnement: 35 personnalités internationales concernées par la mer se réuniront les 31 mars et 1er avril 2010, au Musée océanographique de Monaco, pour créer un "club de réflexion et d’action pour la protection des océans". Ce groupe - dont l'initiative est soutenue par SAS le Prince Albert II de Monaco et mise en œuvre par l’institut océanographique et la fondation Prince Albert II de Monaco -, proposera des actions sur les deux thèmes principaux, à savoir "Les grands fonds : une biodiversité nouvelle à protéger" et "Les grandes espèces marines, clef de voûte des écosystèmes marins".
Une session programmée dans l'après-midi du 1er avril - avec la participation de Craig Venter, l'un des pionniers de la "vie artificielle" qui s’est illustré dans le séquençage du génome humain - sera ouverte au public.

La biodiversité profonde, animale et microbienne, fait partie du patrimoine biologique de la Planète ; elle doit être préservée en tant que telle, et pour les générations futures. Elle participe au cycle du carbone et les sédiments profonds constituent grâce en partie à l’activité biologique un des puits permanent de carbone sur la planète. De plus, la diversité des composants, des gènes et des fonctions des organismes qui se développent dans des conditions dites extrêmes, est une source potentielle importante de composés actifs pour la pharmacopée et les biotechnologies.
Les actions proposées seront axées sur l'encouragement des projets visant à identifier et répertorier les espèces profondes et les pôles de biodiversité, ainsi que l’application et le respect des conventions internationales.

Concernant les grands espèces marins, prédateurs indispensables à l'éco-système, les objectifs à court terme de la Monaco Blue Initiative seront surtout de mettre en place des actions pour protéger les espèces menacées, notamment pour les requins, proches de l'extinction.